Lajitietokantaohjelma Eliö

Lajitietokantaohjelma Eliö

”Älyttömän hyvä, kätevä ja elämää helpottava ohjelmisto!” — anonyymi biologian opettajaopiskelija


Hox! Ohjelman kaikki karttatoiminnot eivät näemmä toimi Googlen tekemien muutosten vuoksi. Korjataan, kun ehditään.

1. Ohjelman esittely

Eliö on tietokantaohjelma, jonka ominaisuuksia ovat mm.:

  • Lajeja voi lisätä / poistaa.
  • Lajille voi syöttää tietoja.
  • Lajiin voi liittää kuvia ja niitä voi katsella (myös video- ja äänitiedostot mahdollisia).
  • Lajikuvan kuvauspaikka näytetään kartalla (vaatii nettiyhteyden).
  • Lajille annettuja tietoja voi hakea hakusanalla.
  • Voit tuoda ja viedä tietokantoja.

Ohjelman lisäksi voit ladata pohjan kasvion tekoa varten, mutta ohjelma sopii minkä tahansa eliöryhmän tietokannan luomiseen ja ylläpitämiseen. Ohjelma soveltuu esimerkiksi:

  • Digitaalisen kasvion tekemiseen.
  • Opetustarkoituksiin.
  • Tutkijan työkaluksi.
  • Kuvien organisointiin.
Download

Eliöstä nyt ladattavissa versio 1.5.9

2. Pikaopas ohjelman käyttöön

  1. Lataa ja talleta Eliö (Elio.jar), sekä halutessasi mallitietokanta (kasvio.dat) koneellesi
    1. ”Eliö” eliotietokantaohjelma (pelkkä ohjelma, versio 1.5.8) tästä – 4,6 Mt.
    2. Voit ladata myös tiedoston kasvio.dat (sisältää kasvion pohjan ja 255 kasvia, sammalta ja jäkälää) tästä (hiiren 2-painike -> ”save link as”) – 0,023 Mt. Laita tiedosto ”data” nimiseen kansioon, joka luodaan käynnistäessäsi ohjelman ensimmäisen kerran. Toisaalta voit laittaa sen ”import\data” nimiseen kansioon, ja tuoda sen kaikki lajit itse nimeämääsi uuteen tietokantaan.
  2. Päivitä Java. Voit ladata Javan täältä.
  3. Tuplaklikkaa elio.jar -kuvaketta. Mikäli ei lähde käyntiin, katso ohjeet täältä.
  4. Siirrä tiedosto kasvio.dat ”data” nimiseen kansioon.
  5. Anna käyttäjätunnus (esimerkiksi etunimesi_sukunimesi). Syöttämästäsi tunnuksesta tulee oletustunnus ”Mikko_Meriajokas”-tunnuksen tilalle. Tunnukseen kelpaavat kirjaimet, numerot sekä alaviiva (myös ”ääkköset” kelpaavat). Sopimattomat merkit ohjelma muuttaa alaviivaksi (_). Tietokannassa lajeille lisäämäsi kuvatiedostot nimetään käyttäjänimesi mukaan (huom., ”ääkköset” eivät aina ole hyvä juttu tiedostojen nimissä…). Valitse OK.
  6. Avaa kasvio.dat tiedosto tai aloita uuden tietokannan luominen antamalla jokin nimi tietokannalle, esim. ”kalat”.
  7. Lisää uusia lajeja ja lajeille kuvia. Muista tallentaa.

Yksityiskohtaiset ohjeet

  1. Ohjelman asentaminen.
  2. Ohjelman käynnistäminen.
  3. Ohjelman käyttö.
  4. Toiminnot yksityiskohtaisemmin
  5. Kuvasarja ohjelman asentamisesta ja käytöstä.
  6. Linkkejä.
  7. Ongelmatilanteita

1. Ohjelman asentaminen

  1. Tallenna ladattu ohjelma (Elio.jar) haluamaasi paikkaan.
    • Mallidata kasvio.dat (=kasvion pohja) tallennetaan ”\data\”-kansioon.
    • Vinkki: voit käyttää ohjelmaa myös muistitikulta.
  2. Muista päivittää Java (Java Runtime Environment (JRE)). Voit ladata Javan täältä.

2. Ohjelman käynnistäminen

  1. Ohjelma käynnistetään tuplaklikkaamalla Elio.jar-ikonia.
    1. Mikäli haluat käynnistää ohjelman komentoriviltä, niin anna ohjelman hakemistossa komento java -jar Elio.jar
    2. Ohjelma luo tarvitsemansa kansiot itse. Tilanteen pitäisi näyttää tältä.
      • Huom! Sinulla tulee olla kirjoitusoikeus siihen kansioon, jonne tallensit Eliön. Normaalisti, esimerkiksi Windows-koneella, ne kansiot, joihin tallennat päivittäin asioita ovat ok. Jos haluat tallentaa Eliön ”Program Files”-kansioon joudut luultavasti kirjautumaan järjestelmänvalvojan oikeuksilla jamäärittelemään oikeudet ko. kansiolle.
  2. HUOM! Voi olla, että joudut assosioimaan .jar-tiedostot avautumaan Javalla (JRE, Java Runtime Environment, eli Javan ajoympäristö). Tämä onnistuu esim. Windows-koneella seuraavasti:
    1. hiiren oikealla napilla .jar tiedoston päällä.
    2. avaa ohjelmalla / open with…
    3. Jos Java on listassa, valitse se (rasti kohtaan avaa aina tällä ohjelmalla / Always use the selected program).
    4. Muuten valitse selaa / Browse ja etsi C:\Program Files (x86)\Java\jre6\bin\java.exe
      1. Huom! (x86) polussa Windowsin 32-bittiselle versiolle, jos koneesi käyttöjärjestelmä on 64-bittinen voit silti valita x86-version, tai kokeilla 64 bit versiota.

3. Ohjelman käyttö

  1. Aluksi annetaan käyttäjätunnus, oletuksena on ”Mikko_Meriajokas”. Anna esimerkiksi saman mallin mukaisesti oma käyttäjätunnus. Tunnukseen kelpaavat kirjaimet, numerot sekä alaviiva (myös ”ääkköset” kelpaavat). Sopimattomat merkit ohjelma muuttaa alaviivaksi (_). Tietokannassa lajeille lisäämäsi kuvatiedostot nimetään käyttäjänimesi mukaan (huom., ”ääkköset” eivät aina ole hyvä juttu tiedostojen nimissä…). Valitse OK.
  2. Seuraavaksi valitaan tietokanta antamalla avattavan tietokannan nimi ilman mitään tiedostopäätettä, tai etsimällä tiedosto ”Selaa”-painiketta painamalla ”\data\”-kansiosta. Tiedostopäätteellä (.dat, .kuvat, .bak, .kbak) ei ole merkitystä, voit valita minkä tahansa neljästä tietokantatiedostosta. Mikäli latasit kasvio.dat nimisen mallitietokannan, valitse siis se, tai kirjoita alussa kasvio. Valitse lopuksi OK.
  3. Mikäli käyttäjä haluaa luoda uuden tietokannan annetaan oletuksen (kasvit) tilalle luotavan tietokannan nimi (esim. ”kala”, jos halutaan luoda kalatietokanta).
  4. Mikäli käyttäjä antaa tiedoston nimen jota ei ole ohjelman ”\data\”-kansiossa (kuten luotaessa uusi ”kala” niminen tietokanta, tulostuu näyttöön varoitus. Tiedosto kala.dat luodaan ensimmäisen lajin lisäyksen ja tallennuksen yhteydessä. Myöskään luotavan ”kala” tietokannan tiedostoa kala.kuvat ei ole vielä olemassa ennen ensimmäistä kuvan lisäystä / tallennusta.
  5. Anna lajin tiedot ja paina ”tallenna” (ainakin tieteellinen nimi ja yleinen nimi tarvitaan, jotta laji pomppaa lajilistaan). Huomioi oikeinkirjoitus (esim. tieteellisessä nimessä suku isolla ja lajinimi pienellä), muuten kenttä menee punaiseksi. Voit valita näytetäänkö lajilistassa tieteellinen nimi vai yleinen nimi, kts. kuva 13. Uudelle lajille annetaan automaattisesti kaksi avainsanaa: 1) ”löydetty” tarkoittaa löydettyä lajia (aikaisemmassa versiossa ”x”) ja 2) ”käyttäjätunnus” on antamasi käyttäjätunnus. Nämä avainsanat helpottavat löydettyjen lajien hakua valmiista lajilistasta.
  6. Lisää lajille kuva / kuvia painamalla ”Lisää kuva”:
    1. Etsi lajille annettava kuvatiedosto. Kuvaformaatit, joita tuetaan ovat: .jpg, .gif, .png tai .bmp. Voit valita useamman kuvan kerralla painamalla joko Ctrl tai Shift näppäimen pohjaan. Mikäli haluat lisätä lajille kuvatiedoston asemesta www-osoitteen (jossa voi olla esimerkiksi kuva, video tai äänitiedosto), niin valitse jostain sijainnista ”ei_kuvaa.png” niminen kuvatiedosto. Ohjelma lisää silloin uuden kuvatietorivin ja voit kirjoittaa kuvan nimen tilalle haluamasi www-osoitteen. Jos sinulla ei ole kuvat-kansiossa kuvaa nimellä ”ei_kuvaa.png”, niin voit antaa mille tahansa kuvalle tämän nimen ja käyttää sitä tähän tarkoitukseen.
    2. Kuvaaja: anna kuvaajan nimi.
    3. Kuvauspaikka: anna kuvauspaikan koordinaatit (suositaan) tai osoite.
      1. Mikäli kuvatiedostoon on tallennettu paikkatietoa, niin ohjelma kaivaa sen automaattisesti esille.
      2. Jos haluat antaa koordinaatit manuaalisesti, niin anna ne desimaaliasteina muodossa ETRS89 maantiet. koord. (~WGS84)(esim. 59.818892,22.944689).
      3. Koordinaatit saat esimerkiksi Googlen kartoista painamalla hiiren oikeaa nappia -> Mitä täällä on?
      4. Voit hankkia koordinaatit myös vaikka kansalaisen karttapaikasta. Klikkaa hiirellä haluamaasi kohtaa kartalla. Oikean muodon koordinaateista saat muuntimella, katso kuva.
      5. Toki voit ottaa koordinaatit talteen myös maastossa GPS:llä.
    4. Päivämäärä: Anna kuvauspäivämäärä. Mikäli kuvatiedostoon on tallennettu kuvauspäivämäärä, niin ohjelma kaivaa sen automaattisesti esille.
  7. Mikäli haluat katsoa kuvaa ohjelman kautta tulee samannimisen kuvan löytyä ”kuvat”-kansiosta. Ohjelma osaa skaalata kuvat näytölle sopiviksi. Pieniä kuvia ei skaalata, keskikokoiset kuvat skaalataan 50 % kokoon alkuperäisestä ja suuret kuvat 25 % kokoon alkuperäisestä koosta (kuva -> zoom-valikosta näet skaalauksen).
    1. Vinkki: Voit laittaa kuvan nimen paikalle internetosoitteen. Painamalla ”Näytä kuva”-painiketta avautuu osoite oletusselaimeen. Osoitteen takana voi olla kuvan asemesta toki jokin muu tiedosto (esim. video- tai äänitiedosto).
  8. Voit katsoa kuvaa / kuvia kartalla (Google maps).
    1. Valitse kuva ja paina ”Valittu kuva kartalla”, tai
    2. Valitse kuva-valikosta sopiva vaihtoehto.

Vinkki 1. Voit ottaa kuvia puhelimellasi ja tallentaa ne johonkin pilvipalveluun (DropBox, Google Drive yms.) ja hakea ne ohjelmalla tästä sijainnista. Tämä vaatii edellä mainittujen palveluiden asentamisen koneelle, jotta sijainnit näkyvät resurssienhallinnassa.

Vinkki 2. Yksi tapa käyttää ohjelmaa on se, että jossain on kansio myös alkuperäisille kuvatiedostoille: esim. ”OriginalPhotos” kansiossa on alkuperäiset kuvat (tai jopa niiden identtiset kopiot) jotka pienennetään kuvankäsittelyohjelmalla sopiviksi (esim. 50 %) ja tallennetaan johonkin työkansioon (josta ne noudetaan tietokantaohjelmaan). Tämä siksi, että jos jakaa oman tietokantansa jollekulle, voi mukaan laittaa (=vie tietokanta) kuvat pienemmällä resoluutiolla (hyödyt: tiedostojen pienempi koko, itselle jää alkuperäiset täyden resoluution kuvat). Ohjelman käyttö on myös nopeampaa, mikäli kuvat ovat pienempiä. ”OriginalPhotos”-kansiosta on myös hyötyä, mikäli haluaa joskus löytää alkuperäisen täyden resoluution kuvan (kaksi sisällöltään identtistä kansiota).

Tiedosto

Uusi

Luo uusi tietokanta. Anna avautuvaan dialogiin luotavan tietokannan nimi, tai selaa ja valitse haluamasi tietokanta ”data”-kansiosta.

Avaa

Avaa tiedoston. Anna avautuvaan dialogiin avattavan tietokannan nimi. Voit myös aloittaa uuden tietokannan antamalla luotavalle tietokannalle haluamasi nimen. Paina selaa, mikäli haluat etsiä avattavan tiedoston ”data”-kansiosta.

Tallenna

Tallentaa kaikki muutokset. Mahdollinen lisättävä laji hyppää hakulistaan.

Tuo tietokanta

  • Tuo uudet lajit kuvineen…
    • Tuo nykyisestä tietokannasta puuttuvat lajit toisesta tietokannasta. Lajit tuodaan kuvatietoineen nykyiseen tietokantaan, myös kuvatiedostot tuodaan. Avaa dialogin, jolla kysytään halutaanko tuoda PUUTTUVAT lajit (yes / no). Tuotava tietokanta (sekä .dat että .kuvat tiedosto) tulee sijaita ”\import\data”-kansiossa, josta ne voi etsiä tiedostovalitsimella (”Selaa”). Tuotavien kuvien tulee sijaita ”\import\kuvat”-kansiossa.
  • Tuo kaikki lajit kuvineen…
    • Tuo toisesta tietokannasta kaikki lajit nykyiseen tietokantaan uusina lajeina. Lajit tuodaan kuvatietoineen, myös kuvatiedostot tuodaan. Avaa dialogin, jolla kysytään halutaanko tuoda KAIKKI lajit (yes / no). Tuotava tietokanta (sekä .dat että .kuvat tiedosto) tulee sijaita ”\import\data”-kansiossa, josta ne voi etsiä tiedostovalitsimella (”Selaa”). Tuotavien kuvien tulee sijaita ”\import\kuvat”-kansiossa.
  • Tuo uudet kuvat nykylajeille…
    • Tuo toisesta tietokannasta nykyisten lajien uudet kuvat. Tuotava tietokanta (sekä .dat että .kuvat tiedosto) tulee sijaita ”\import\data”-kansiossa, josta ne voi etsiä tiedostovalitsimella (”Selaa”). Tuotavien kuvien tulee sijaita ”\import\kuvat”-kansiossa.

Vie tietokanta

  • Vie tietokanta Eliö-muodossa (kuvien kanssa)
    • Viedään lajilistassa olevat lajit kuvatietoineen (=haun tulos) ”\export\data(pvm)”-kansioon. Kuvatiedostot kopioidaan ”\export\kuvat(pvm)”-kansioon.
  • Vie tietokanta Eliö-muodossa (ilman kuvia)
    • Viedään lajilistassa olevat lajit kuvatietoineen (=haun tulos) ”\export\data(pvm)”-kansioon. Kuvatiedostoja ei kopioida!
  • Vie tietokanta kml-muodossa
    • Viedään ”\export\”-kansioon ”käyttäjänAntamaNimi.kml”-tiedosto. Tiedoston voi avata esimerkiksi Google Earth-ohjelmalla.

Tulosta

Tulostaa hakuehdon täyttävien lajien tiedot esikatseluikkunaan, josta ne voi lähettää tulostimelle.

Lopeta

Sulkee ohjelman. Avaa dialogin lopetetaanko vai ei. Tallettaa muutokset, jos lopetetaan.

Muokkaa

Lisää laji

Lisää uuden lajin muokkausta varten.

Poista laji

Avaa dialogin, jolla kysytään halutaanko laji poistaa (yes / no). Myös kaikki kuvatiedot sekä kuvatiedostot poistetaan.

Lisää kuva

Antaa etsiä uuden kuvan tiedostovalitsimen avulla. Voit lisätä kuvan kaikista muista sijainneista, paitsi ohjelman ”\kuvat”-kansiosta. Valitsemasi kuva(t) kopioidaan tähän kansioon. Voit valita useita kuvia kerralla pitämällä joko Ctrl tai Shift näppäintä painettuna.

Ohjelma poimii kuvatietoihin automaattisesti kuvauspaikan ja kuvauspäivämäärän, mikä ne löytyvät kuvatiedoston metatiedoista. Kuvalle annetaan oletuksena myös CC BY-SA avoin lisenssi (voit halutessasi poistaa sen, tai muuttaa toiseksi).

Poista kuva

Avaa dialogin, jolla kysytään halutaanko kuvan tiedot poistaa (yes / no). Myös kaikki kuvatiedot sekä kuvatiedostot poistetaan.

Poista kaikki listan lajit

Poistaa kaikki lajilistassa olevat (=hakuehdon täyttävät lajit). Myös kaikki kuvatiedot sekä kuvatiedostot poistetaan.

Kuva

Näytä kuva

Näyttää kuvan uudessa ikkunassa.

Kuvan tiedot

Näyttää valitun kuva kaikki tiedot. Myös kuvan mahdolliset EXIF-metatiedot näytetään.

Näytä kartalla

  • Näytä valittu kuva kartalla
    • Näyttää valitun kuvan Google kartalla.
  • Valitun lajin kaikki kuvat kartalla
    • Ei värierottelua
  • Näyttää valitun lajin kaikki kuvat Googlen staattisella kartalla. Kaikki merkkipisteet saman värisiä. Kartalle mahtuu max n. 80 kuvauspaikkaa.
    • Värierottelu
  • Näyttää valitun lajin kaikki kuvat Google kartalla. Kaikki pisteet erivärisiä (huom, värit arvotaan satunnaisesti). Kartalle mahtuu max n. 43 kuvauspaikkaa.
  • Hakuehdon täyttävien lajien kaikki kuvat kartalla
    • Ei värierottelua
  • Näyttää hakuehdon täyttävien lajien (lajit, jotka näkyvät lajilistassa). kaikki kuvat Google kartalla. Kaikki merkkipisteet saman värisiä. Kartalle mahtuu max n. 80 kuvauspaikkaa.
    • Värierottelu
  • Näyttää hakuehdon täyttävien lajien (lajit, jotka näkyvät lajilistassa). Kaikki eri lajien kuvien merkkipisteet erivärisiä (huom, värit arvotaan satunnaisesti). Kartalle mahtuu max n. 43 kuvauspaikkaa.

Ohje

Ohje

Avaa oletusselaimen avustussivulle (tämä sivusto).

Tietoja

Avaa dialogin, jossa tietoja ohjelmasta.

Muokkaa

Kopioi

Kopioi kuvan järjestelmän leikepöydälle

Zoom

Zoomaa kuvaa. Ikkunassa näkyvän kuvan koon (suhteessa alkuperäiseen) näet harmaana olevasta prosenttilukemasta.

5. Kuvasarja ohjelman asentamisesta ja käytöstä.

Tulossa.

6. Linkkejä

Työkaluja Eliö-ohjelman käyttämiseksi:

  • Lataa Java JRE tästä.
  • Notepad++ tekstitiedostojen käsittelyyn Windows-koneille.
  • TextWrangler tekstitiedostojen käsittelyyn Macille
  • Lataa Java JDK (Java Developer Kit) Windows koneelle (32 bit) tästä.
  • Lataa Java JDK (Java Developer Kit) Windows koneelle (64 bit) tästä.
  • Lataa Java JDK (Java Developer Kit) Macille tästä.

Ruutukaappausvideot ohjelman käytöstä

  • Intro: Lajitietokantaohjelman esittely
  • Asennus: Lajitietokantaohjelman asennus

Karttoja ja ohjeita

Työkaluja lajin tietojen selvittämiseen:

7. Ongelmatilanteita

  • Mikäli yrität käyttää Macilla Pc-koneella tehtyä tietokantaa (tai toisinpäin) toimi seuraavasti:
    • Avaa .dat-tiedosto hyvällä tekstieditorilla (esim. Notepad++ windowsille, TextWrangler Macille). Muuta merkistön koodaus päinvastaiseksi (iso-8859-1(ANSI) tai UTF-8). Talleta!
      • Mikäli tekstieditorisi ei avaa .dat-tiedostoa vaihda tiedostopääte päätteeksi .txt
    • Tee sama .kuvat-tiedostolle.
    • Voi olla, että ”ääkköset” eivät näy oikein, mikäli käytät toisella järjestelmällä luotua tietokantaa.
  • Mac-käyttäjät voivat joutua käynnistämään ohjelman komentoriviltä (apuohjelma ”pääte” tai ”Console”) siinä kansiossa, missä ohjelma sijaitsee komennolla java -jar -Dfile.encoding=iso8859-1 Elio.jar Tämä auttaa näyttämään ohjelman ”ääkköset” oikein tulostusikkunassa. Katso esimerkkikuva tästä.
    • komennot, joilla liikutaan hakemistopuussa ovat:
      • cd tiedostonimi (siirry alaspäin hierarkiassa).
      • cd .. (siirry ylöspäin hierarkiassa. Pc:ssä cd..).

 

Comments are closed.